食用菌的接种操作需要无菌环境，所以接种室必须经过空气消毒，使之达到适宜接种的生物洁净等级。但是建造生物洁净室的投资巨大，由于中国国情的限制，大多数情况下不允许将接种室改造成生物洁净室，所以目前国内食用菌行业接种室的消毒主要是采用以甲醛为代表的化学药剂薰蒸的消毒方法。上述消毒方法的最大缺点是，化学药剂薰蒸对人体的损害大。另一方面，这些化学药剂会污染室内和室外环境，与食用菌发展的绿色趋势不符，臭氧作为传统化学药剂的替代品近年来在食用菌生产中陆续开始应用，但是目前食用菌领域应用臭氧发生器实施空气消毒时却存在一些问题，如:实际使用时消毒效果不稳定、设备使用寿命低、操作不方便等。

　　紫外线消毒也属于静态杀菌，其原理为：细菌吸收紫外线后，引起DNA链断裂，造成核酸和蛋白的交联破裂，杀灭核酸的生物活性，致细菌死亡，杀菌效率可达96%-99.9%。其安装方式为，固定吊装在天花板距地面2米（1.5米效果更好）的高度向下直接照射，按每立方米紫外线灯瓦数≥1.5W计算出装灯数，每次照射30分钟以上。由于紫外线的穿透力较弱，在每次使用前建议使用酒精棉球擦拭灯管，因此在消毒时，车间内保持清洁干燥，减少尘埃和水雾，温度低于20℃或高于40℃、相对湿度大于60%应该适当延长照射时间。

　　紫外线灯得使用时间和辐照强度成反比，一般使用寿命不得超过1000小时就须更换灯管，建议使用过程中配备紫外线照度计监测辐照强度，也可记录使用时间作为更换灯管依据。由于紫外线的辐照对人体皮肤、眼睛有危害，所以也不能在有人情况下使用。

　　NICOLER动态技术属于动态杀菌，可以在有人工作情况下同步对接种室杀菌，对人体无害，是近年来才被广泛使用的消毒技术，其杀菌消毒原理为：通过特殊的脉冲信号使得NICOLER发生腔产生逆电效应，生成大量的杀菌因子，整个杀菌过程只需0.1秒，使生产车间的环境保持在相对的“无菌无尘”状态。在对车间消毒时，人可同时在车间内工作，对人体没有任何危害，所以， NICOLER动态技术也称作“食品动态杀菌机”。